Der Palast der Großmeister, ein imposanter Baukomplex aus rötlichem Kalksandstein mit starken Befestigungsanlagen, am höchsten Punkt des Kollachiums gebaut, diente als Residenz des Ordens-Großmeisters und als Zitadelle der Stadt. Der Palast, der mehr einer Festung ähnelt, hat die Maße 80 x 75 m.
Das Bauwerk wurde vom Johanniterorden im 14. Jh. erbaut, 1856 durch eine Explosion in der Pulverkammer zerstört, und 1940 von den Italienern wiederaufgebaut. Eine mächtige Toranlage aus zwei hohen Halbrundtürmen und einem gestaffelten Spitzbogentor bringen den Besucher ins Innere des Palastes. Die Ecken des Palastes werden ebenfalls durch Türme gebildet.
Der Bau wurde unter dem zweiten Großmeister, Helion de Villeneuve, fertiggestellt. Durch die beiden Tore gelangt man in einen großen von Arkaden umgebenen Innenhof, 50 x 40 m, der mit geometrischen Platten aus Marmor geschmückt ist. Im Erdgeschoss wurden Lebensmittel und Waffen gelagert, im oberen Geschoss waren die Palasträume. Durch das große Eingangsportal führt eine große Marmorfreitreppe zu den Sälen im Obergeschoss. Von den ca. 300 Räumen des Palastes sind nur 18 für die Besucher zugänglich. Leider entspricht die neue Inneneinrichtung der Räume nicht der Ritter-Einrichtung des 14. Jh. Doch die Fußbodenmosaiken in den Sälen aus schwarz-weißen und farbigen Kieseln vom 2. und 3. Jh. aus Kos gehören zu den eindrucksvollsten und schönsten Mosaiken der Antike.
Der Trophäen-Saal: Der Fußboden ist mit griechischen Mosaiken aus Kos ausgelegt. Auf einem ist ein von zwei Delphinen flankierter Dreizack abgebildet. Der Saal wird beherrscht von einer Kolonnade, die von zwei Granitsäulen mit spätchristlichen Kapitellen gestützt wird.
Der Laokoon-Saal: Dieser Saal wird von der Gipskopie der berühmten Laokoon-Gruppe der rhodischen Bildhauer Hagesander, Athenodoros und Polydoros aus dem 1. Jh. v. Chr. beherrscht. Der Boden ist mit einem spät-hellenistischen Mosaik aus Kos ausgelegt.
Saal der Medusa: Saal mit spät-hellenistischen Mosaiken aus Kos. Im Zentrum dieser Mosaiken ist das Haupt der Medusa, eine der mythologischen Gorgonen dargestellt. Mehrere chinesische Vasen schmücken den Saal.
Erster Saal mit den Kreuzgewölben: Der Boden ist mit spät-hellenistischen Mosaiken aus Kos ausgelegt. An den Wänden sind westeuropäische Holztruhen des 16. Jhs. ausgestellt.
Saal mit dem Tiger: Der Fußboden ist mit spätchristlichen Mosaiken aus Kos ausgelegt. Ein Mosaik mit einem Tiger in Angriffsstellung beherrscht den Raum. An den Wänden steht hölzernes Chorgestühl.
Zweiter Saal mit den Kreuzgewölben: Dieser Saal beherbergt einen imposanten Schreibtisch, weitere holzgeschnitzte Möbel des 16. Jhs. und spätchristliche Mosaiken aus Kos, auf denen Vögel, Vasen und Obstbäume abgebildet sind.
Kolonnadensaal: Dieser Saal wird von zwei Kolonnadenreihen beherrscht. In der Saalmitte ein spätchristliches Mosaik aus dem 5. Jh., das aus dem Narthex der Agios Ioannis-Basilika von Kos stammt. Außerdem werden Stühle, Truhen und lebensgroße Kerzenleuchter in Engelsgestalt ausgestellt.
Saal mit dem Thyrsos: Ein Saal, dessen Boden mit einem rechteckigen, rhodischen Mosaik aus dem 2. Jh. v. Chr. ausgelegt ist. In der Mitte ist ein bunter Thyrsos, der geschmückte Stab des Dionysos, dargestellt. Zur weiteren Ausstattung des Saales gehören das Chorgestühl und ein Muranoleuchter.
Saal mit dem Seepferd und der Nymphe: Ein kleiner Saal, in dessen Bodenmosaik aus Kos aus dem 1. Jh. v. Chr. eine Nymphe abgebildet ist, die auf einem Seepferd über das Meer reitet. An den Wänden hängen zwei Gemälde der Romantischen Schule aus dem 19. Jh.
Saal mit der Wandlaterne: Hier hängt eine große Laterne, die von der Hand eines Schwarzen gehalten wird. Außerdem sind noch eine weitere Wandbeleuchtung und ein Chorgestühl zu sehen.
Saal mit den Delphinen: Ein Raum, dessen Boden mit späthellenistischen Mosaiken aus Kos bedeckt ist. Das Umrandungsband ist mit Delphinen verziert. In der Mitte des Mosaiks ist ein großer Fisch abgebildet.
Saal mit dem Einzelkämpfer, Poseidon und Polybotes: Mehrere späthellenistische Mosaiken aus Kos sind hier zu sehen. Ein junger Kämpfer verteidigt sich mit seiner Lanze gegen einen Tiger und Poseidon schlägt den Giganten Polybotes in die Flucht.
Saal mit dem angelnden Eroten: In der Mitte dieses Raumes ist ein späthellenistisches Mosaik aus Kos zu bewundern, das einen nackten, geflügelten Eros beim Fischen darstellt.
Saal mit der Verkündigungsszene: In einer Vitrine sind zwei Holzstatuetten ausgestellt, welche die Verkündigungsszene abbilden, ein gotisches Werk aus dem 15. Jh. von höchster Qualität.
Saal mit den neun Musen: Dieser Saal ist einer der schönsten des Palastes. Zwei Säulen tragen vier Arkadenbögen und in der Mitte des Saales sind auf einem späthellenistischen Mosaik aus Kos die Büsten der neun Musen abgebildet. Im gleichen Raum befinden sich mit Stoff gepolsterte Stühle, die mit mythologischen Szenen und Blumen bestickt sind.
Erster Saal mit dem Chorgestühl: Raum mit späthellenistischem Mosaik und holzgeschnitztem Chorgestühl an den Wänden.
Zweiter Saal mit dem Chorgestühl: Raum mit einem späthellenistischen Mosaik und holzgeschnitztem Chorgestühl mit kunstvoll geschnitzten Armlehnen rundherum an den Wänden.
